どうやら、PHP側で関係しているのはupload_max_filesize, post_max_size, memory_limitの3つ。これらをphp.iniで設定してやる(PHPのテクメモ | ファイルアップロードの上限)か、.htaccessで個別に設定してやるか(php.ini ディレクティブ)、で対応できるみたい。